بخش زیتون، مانند تمام بخش کشاورزی، در معرض مجموعه‌ای از چالش‌ها قرار دارد که مربوط به تغییراتی است که هم در بافت اقتصادی و اجتماعی کشور و هم از دیدگاه اقلیمی رخ داده است. این چالش‌ها از یک سو آینده زنجیره تأمین را تضعیف می‌کنند، اما از سوی دیگر می‌توانند به عنوان محرکی برای دستیابی به پیشرفت قابل توجه در نحوه تولید و کسب درآمد عمل کنند.
یکی از جنبه‌های اساسی که باید بر آن تأکید شود، آموزش و به‌روزرسانی حرفه‌ای اپراتورهای زنجیره تأمین است، زیرا دانش و نوآوری‌ها در حال حاضر تنها توسط تعداد محدودی از شرکت‌ها در مقایسه با سایر زنجیره‌های تأمین پیشرفته‌تر مورد استفاده قرار می‌گیرند.
مثالی نیز در مورد آنچه در برداشت محصول 2024-25 اتفاق افتاد، آورده شده است، که بدون شک از نظر کمی و کیفی روغن در مرکز ایتالیا، برداشت بسیار خوبی بود. گلدهی و تشکیل میوه خوب در بهار با رشد میوه تقریباً بدون مگس همراه بود، به طوری که برداشت با میوه‌های فراوان، سالم و دست نخورده انجام شد. با این حال، بازده پایین در کارخانه (به طور متوسط 10 تا 12 درصد در توسکانی) باعث شده است که بسیاری از تولیدکنندگان برداشت را به تأخیر بیندازند یا حتی زیتون‌ها را برداشت نکنند، اگرچه به خوبی شناخته شده است که از نظر کمی، داده‌های عملکرد روغن در کارخانه نسبتاً مهم است ، در حالی که تولید روغن به ازای هر درخت یا در هر هکتار نیز مهم است .
قطعاً او. هزینه‌های بالای برداشت، بسیاری از تولیدکنندگان زیتون را از تکمیل چرخه تولید منصرف کرده است ، اگرچه قیمت روغن توسکانی همچنان بسیار بالا مانده است، اما با توجه به کیفیت عالی محصول، بازده پایین نمی‌تواند بهانه‌ای باشد. برای آینده، لازم است بر نوآوری‌های محصول برای ارزش‌گذاری بیشتر به روغن زیتون فرابکر و نوآوری‌های فرآیندی که قادر به کاهش هزینه‌های تولید در مزرعه باشند، تأکید شود.
در مورد تغییرات اقلیمی، شواهد فراوانی از افزایش دما در حوزه مدیترانه وجود دارد . افزایش دما هیچ نشانه‌ای از کند شدن نشان نمی‌دهد و مدل‌های شبیه‌سازی توسعه‌یافته برای درخت زیتون، پیشرفت‌های قابل توجهی در فنولوژی و افزایش بروز تنش‌های محیطی را نشان می‌دهند. برخی از راه‌حل‌ها در حال حاضر در دسترس هستند، به عنوان مثال، معرفی آبیاری و مدیریت کمبود آن ، اما نیاز به تحقیقات بیشتر در مورد موضوع پاسخ به تنش آبی و تنش دمای بالا وجود دارد که تاکنون مورد مطالعه کمی قرار گرفته است. ما اطلاعات زیادی در مورد پاسخ گونه‌ها نداریم، به عبارت دیگر، کدام گونه‌ها در برابر افزایش دما مقاوم‌تر هستند و در کدام مراحل فنولوژیکی قرار دارند.
این مشکل نه تنها مربوط به گونه‌های توسکانی، بلکه تمام میراث زیتون است. در این شرایط، ارائه نشانه‌های علمی اثبات‌شده برای انتخاب گونه‌ها برای مزارع جدید دشوار است.
